В този си вид структурата съществува от 2010 г. след обединяването на Института за балканистика, създаден през 1964 г. и Института по тракология, основан през 1972 г. Близо 50 учени изследват политическите, културните, религиозните и обществените процеси, които протичат в и между държавните образования в Югоизточна Европа от античността до днес. Научноизследователската дейност на ИБЦТ включва работата по национални и международни проекти, организирането на научни форуми, осъществяването на широка издателска дейност.