Музеят по минералогия, петрология и полезни изкопаеми е най-старият музей за скали и минерали в България. Историята му започва през 1892 г., когато учениците на д-р Боне Баев от Първа мъжка гимназия даряват сбирка от 460 броя минерални и скални образци на Висшето училище, заведени в инвентарната книга на 02.01.1882 г. Музеят притежава множество колекции, закупени от европейски търговски фирми в края на XIX и началото на XX век. Сред тези колекции са няколко сбирки от минерали и скали, придобити от немската търговска фирма „Кранц“ за периода от 1894–1909 г. Те се отличават с голямо видово разнообразие и част от тях са представители на типови находища от целия свят.

Основната цел при експонирането на образците е обучението на студентите от катедра „Минералогия, петрология и полезни изкопаеми”. Подредбата на витрините е съобразена с учебните програми. Едновременно с това във витрините на музея могат да се видят образци с висока музейна и колекционна стойност. Ценност за музея са:

 - Холотипове на открити в България минерали;

 - Типови образци от български и чужди вече изчерпани находища;

 - Образци от личните колекции на известни наши геолози;

 - Образци, изследвани и описани в книги, учебници и публикации на преподаватели и студенти от катедрата.